Die Frage, ob Torosaurus ein eigenständiges Genus oder nur ein ausgewachsener Triceratops ist, beschäftigt die Paläontologie seit 2010. Scannella & Horner (2010) argumentierten, dass Torosaurus mit seinem gefensterten Nackenschild das Adultstadium von Triceratops darstelle – das Schild verdünne sich im Alter und bilde die typischen Fenestrae. Die Hypothese wurde durch histologische Daten (stärkerer Knochenumbau bei Torosaurus) gestützt.
Die Mehrheit der aktuellen Studien lehnt diese Synonymie allerdings ab. Longrich & Field (2012) zeigten, dass Torosaurus-Schädel nicht konsistent reifer sind als Triceratops-Schädel. Mallon et al. (2022) beschrieben subadulte Torosaurus-Exemplare aus Kanada, deren Knochenhistologie zeigt, dass sie noch wuchsen – ein starkes Argument für die Eigenständigkeit der Gattung. Die Debatte ist jedoch nicht vollständig abgeschlossen: Bislang wurde nur ein Torosaurus-Nackenschild histologisch beprobt.
Taxonomisch werden heute zwei gültige Triceratops-Arten anerkannt (Forster, 1996): T. horridus (Typusart) und T. prorsus, die sich in Schädelproportionen und Nasenhornform unterscheiden. Scannella & Fowler (2014) zeigten anhand von über 50 stratigraphisch zuordenbaren Schädeln, dass T. horridus in den älteren und T. prorsus in den jüngeren Schichten der Hell Creek Formation vorkommt – ein Hinweis auf Anagenese, also Evolution innerhalb einer Linie.