Die Geschichte von Iguanodon ist untrennbar mit der Geschichte der Paläontologie selbst verbunden. Die ersten fossilen Zähne wurden 1822 in Tilgate Forest bei Cuckfield (Sussex) entdeckt – möglicherweise sogar bereits am 21. Mai 1821, wie neuere Forschung nahelegt (Deposits Magazine 2020). Wer die Zähne fand, ist umstritten: Gideon Mantell schrieb die Entdeckung zunächst seiner Frau Mary Ann zu (1827, 1833), widerrief dies aber nach der Scheidung (1851). Neuere Auswertungen historischer Dokumente (2020, 2025) stützen Mary Anns Version. Die formale Benennung erfolgte am 10. Februar 1825 vor der Royal Society. Samuel Stuchbury erkannte die Ähnlichkeit mit Iguana-Zähnen; William Daniel Conybeare schlug den Namen „Iguanodon" vor – Mantells eigener Vorschlag „Iguanasaurus" setzte sich nicht durch.
1842 verwendete Richard Owen Iguanodon zusammen mit Megalosaurus und Hylaeosaurus, um die Ordnung Dinosauria zu definieren. Owen stellte sich Iguanodon als elefantenartiges Vierfüßler-Reptil mit einem Nasenhorn vor – der Daumenstachel wurde fälschlich auf die Nase gesetzt. Diese Vorstellung materialisierte sich 1854 in den Crystal-Palace-Skulpturen von Benjamin Waterhouse Hawkins. Am Silvesterabend 1853 fand das legendäre „Dinner in the Iguanodon" statt: 21 Gäste speisten im Inneren der Gussform, wobei Owen im „Kopf" des Modells saß. Mantell erlebte dies nicht mehr – er war am 10. November 1852 verstorben.
Der Durchbruch kam am 28. Februar 1878, als die Bergleute Jules Créteur und Alphonse Blanchard in 322 Metern Tiefe in der Kohlemine Sainte-Barbe bei Bernissart auf pyritinkrustierte Knochen stießen, die sie zunächst für goldgefülltes Holz hielten. Louis de Pauw leitete die Bergung, Louis Dollo die Bearbeitung. Mindestens 43 Individuen wurden geborgen (Norman 1986 nannte 38; neuere Zählungen ergaben 25 komplett erhaltene und 18 fragmentarische Exemplare). Dollo rekonstruierte die Skelette 1882 in aufrechter Känguru-Haltung – eine Darstellung, die erst ab 1980 durch Normans horizontale Rekonstruktion abgelöst wurde. Die Mine wurde im Ersten Weltkrieg von deutschen Truppen geflutet und nie wieder geöffnet, obwohl eine Bohrung 2002/2003 noch Knochenfragmente zutage förderte.
Taxonomisch war „Iguanodon" lange ein sogenanntes Wastebasket-Taxon: Zahlreiche kaum verwandte Arten wurden unter diesem Namen gesammelt. Die Bereinigung begann 2000 mit der ICZN-Entscheidung (Opinion 1947, basierend auf der Petition Case 3037 von Charig & Chapman 1998), I. bernissartensis mit dem Lectotypus IRSNB 1534 zur Typusart zu erklären. Paul (2007) trennte Mantellisaurus ab, Norman (2010) begründete Barilium und Hypselospinus. Heute ist I. bernissartensis die einzige breit anerkannte Art; der Status von I. galvensis (2025 als Paulodon abgetrennt) ist in der Diskussion.