Die taxonomische Geschichte von Hadrosaurus foulkii ist ein Lehrstück über die Probleme der Dinosaurier-Nomenklatur. 1869 errichtete Edward Drinker Cope die Familie Hadrosauridae (Transactions of the American Philosophical Society, n.s. 14: 1–252) mit Hadrosaurus als Typusgattung – eine Familie, die heute über 60 Gattungen umfasst und zu den am besten dokumentierten Dinosaurierfamilien gehört.
2006 stuften Prieto-Márquez, Weishampel & Horner (Acta Palaeontologica Polonica 51(1): 77–98) Hadrosaurus foulkii als nomen dubium ein: Der Holotyp sei zu fragmentär und besitze keine diagnostischen Autapomorphien. Dies war problematisch, da ein nomen dubium als Typusgattung die Nomenklatur der gesamten Familie destabilisiert hätte. 2011 revidierte Prieto-Márquez seine eigene Einschätzung (Zootaxa 2765(1): 61–68) und identifizierte doch diagnostische postcraniale Merkmale – Hadrosaurus foulkii gilt seither wieder als valides Taxon, auch wenn nicht alle Autoren diese Diagnose akzeptieren.
Phylogenetisch steht Hadrosaurus als Schwestergruppe aller übrigen Hadrosauridae – basaler als sowohl Saurolophinae (Edmontosaurus, Saurolophus) als auch Lambeosaurinae (Parasaurolophus, Corythosaurus). Diese Position hatte eine wichtige nomenklatorische Konsequenz: Weil Hadrosaurus außerhalb der traditionellen „Hadrosaurinae" liegt, wurde diese Unterfamilie in Saurolophinae umbenannt (Prieto-Márquez 2010, Zoological Journal of the Linnean Society 159(2): 435–502). Hadrosaurinae sensu stricto umfasst nur noch die Hadrosaurus-Linie – ein nomenklatorisches Detail, das nicht alle Autoren konsistent handhaben.