Die taxonomische Situation ist komplex. Philippe Taquet hatte bereits 1973 bei Gadoufaoua fragmentäre Spinosauriden-Kiefer entdeckt, die er 1984 vorläufig beschrieb. Im September 1998 benannten Taquet & Russell dieses Material formal als Cristatusaurus lapparenti (Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Sér. IIA, 327(5): 347–353) – zwei Monate vor der November-Publikation von Suchomimus tenerensis (Sereno et al., Science 282(5392): 1298–1302). Cristatusaurus hat somit formale nomenklatorische Priorität. Da das Cristatusaurus-Material jedoch nur aus fusionierten Prämaxillen (MNHN GDF 365–366, aufbewahrt in Paris) ohne klare Autapomorphien besteht, wird es von den meisten Autoren als nomen dubium betrachtet.
Die Beziehung zu Baryonyx walkeri ist ebenfalls debattiert. Sues, Frey, Martill & Scott (2002, Journal of Vertebrate Paleontology 22(3): 535–547) schlugen im Rahmen ihrer Irritator-Beschreibung vor, Suchomimus als Baryonyx tenerensis in dieselbe Gattung zu stellen. Candeiro et al. (2017) bezeichneten diese Debatte als „eher Semantik als Wissenschaft". Barker et al. (2021) lieferten ein überraschendes phylogenetisches Ergebnis: Suchomimus wurde in die neu definierte Tribus Ceratosuchopsini gestellt, näher verwandt mit den Isle-of-Wight-Spinosauriden Ceratosuchops und Riparovenator als mit Baryonyx – was die traditionelle Schwestergruppen-Hypothese aufbricht, aber noch nicht breit repliziert ist.