Die Familienposition von Gigantoraptor innerhalb der Oviraptorosauria ist nicht abschliessend geklaert. Xu et al. (2007) platzierten ihn als basalen Oviraptorosauria, ausserhalb sowohl der Oviraptoridae als auch der Caenagnathidae. Lamanna et al. (2014) schlugen in ihrer Phylogenie-Analyse im Rahmen der Anzu-Beschreibung eine Zugehoerigkeit zu den Caenagnathidae vor. Die geringe Datenbasis -- ein einzelner, unvollstaendiger Holotyp -- macht eine definitive Einordnung schwierig. Weitere Funde werden benoetigt.
Gigantoraptor steht in einer Reihe mit Deinocheirus und Therizinosaurus als Beispiel fuer unabhaengigen Riesenwuchs in nicht-karnivoren Theropoden-Linien. Alle drei erreichten Koerpermassen von ueber einer Tonne, alle drei besassen reduzierte oder fehlende Bezahnung, und alle drei lebten in der Oberen Kreide Asiens. Dieses konvergente Muster ist eines der faszinierendsten Raetsel der spaetkreidezeitlichen Theropoden-Evolution.