Die Geschichte von Pteranodon beginnt 1870, als Marsh bei Fort Wallace, Logan County, Kansas, Fragmente zweier Flügelknochen (YPM 1160 und 1161) sammelte. Ein mitgefundener Fischzahn von Xiphactinus wurde fälschlich dem Flugsaurier zugeordnet – weshalb Marsh 1871 einen bezahnten Pterosaurier beschrieb: Pterodactylus oweni. Erst als S. W. Williston am 2. Mai 1876 am Smoky Hill River den ersten Schädel fand, erkannte Marsh, dass die nordamerikanischen Formen zahnlos waren und gründete die neue Gattung Pteranodon.
Im Laufe der Jahrzehnte wurden dutzende Arten benannt. Bennett (1994, Occasional Papers of the Natural History Museum, University of Kansas 169: 1–70) reduzierte diese auf nur zwei valide Spezies: P. longiceps (Typus-Art) und P. sternbergi. P. marshi und P. walkeri wurden als Junior-Synonyme von P. longiceps eingestuft, P. eatoni als Synonym von P. sternbergi. Die übrigen Namen fielen entweder als nomen dubium oder wurden der verwandten Gattung Nyctosaurus zugeordnet. P. sternbergi wurde zeitweise als eigene Gattung Geosternbergia geführt (Miller 1978; Kellner 2010), ist aber nach jüngsten phylogenetischen Analysen (2024) wieder in Pteranodon eingegliedert.
Pteranodon ist mit rund 1.200 bekannten Exemplaren der mit Abstand häufigste Pterosaurier im Fossilbericht – er macht etwa 97 % aller Pterosaurier-Funde aus der Niobrara Formation aus. Diese außergewöhnliche Stichprobengröße ermöglichte Bennetts populationsbiologische Analysen (1992), die bei praktisch keinem anderen fossilen Flugreptil möglich wären. Die Fundstellen liegen im heutigen Western Kansas, aber auch in der Pierre Shale Formation (Kansas/South Dakota), in der Mooreville Chalk in Alabama und vereinzelt in Wyoming. Die Ablagerungen repräsentieren den Boden des Western Interior Seaway – eines über 1.000 km breiten Flachmeers, das Nordamerika in der Kreidezeit teilte. Pteranodon verbrachte den Großteil seines Lebens offenbar über offenem Wasser, hunderte Kilometer von der nächsten Küste entfernt.