Gastonia steht im Zentrum einer der langlebigsten Klassifikationsdebatten der Ankylosauria. Mit 53 taxonomischen Meinungen in der PBDB (25 Genus + 25 G. burgei + 3 G. lorriemcwhinneyae) und 4 verschiedenen Familienzuordnungen über 25 Jahre gibt es bis heute keinen stabilen Konsens. Die Klassifikationsgeschichte lässt sich in drei Phasen unterteilen:
Phase 1 (1998-2009): Kirkland (1998, ref:7504) beschrieb Gastonia als Polacanthinae innerhalb der Ankylosauria. Carpenter und seine Schule hielten über ein Jahrzehnt an dieser Einordnung fest, teils unter dem Familiennamen Polacanthidae. Parallel stellten Vickaryous et al. (2001, 2004 – The Dinosauria 2nd ed.) Gastonia zu den Ankylosauridae.
Phase 2 (2010-2016): Ab 2014 traten mit Han et al. und Blows & Honeysett erstmals die Nodosauridae als Option auf. Gleichzeitig hielten Kirkland (2011, 2013) an den Polacanthinae fest, und Arbour & Currie (2016) ordneten Gastonia den Ankylosauridae zu. Kinneer et al. (2016) in ihrer umfassenden Neubeschreibung wählten Polacanthidae.
Phase 3 (2017-heute): Yang et al. (2017) platzierten Gastonia bei den Nodosauridae – die aktuelle PBDB-Klassifikation. Doch bereits 2019 kehrte Galton zu den Ankylosauridae zurück. Von den 53 Meinungen stützen sich nur 6 auf explizite phylogenetische Evidenz – 47 sind „stated without evidence". Die Frage, ob Polacanthinae/Polacanthidae eine natürliche Gruppe bilden oder ob ihre Vertreter auf Nodosauridae und Ankylosauridae aufzuteilen sind, bleibt offen.