Die taxonomische Geschichte von Eoraptor liest sich wie eine Chronik der gesamten Debatte um die früheste Dinosaurier-Evolution. Sereno et al. (1993) platzierten ihn als basalen Theropoden – den primitivsten bekannten Raubsaurier. Sereno (1995) ging noch weiter und postulierte, Eoraptor stehe dem hypothetischen „Ur-Dinosaurier" näher als jede andere bekannte Form. Langer & Benton (2006, JSP 4(4): 309–358) widersprachen und positionierten ihn als basalen Saurischier – weder Theropode noch Sauropodomorphe, sondern basaler als beide.
Der Wendepunkt kam 2011: Im Rahmen der Beschreibung von Eodromaeus murphi fanden Martínez et al. (Science 331(6014): 206–210), dass Eoraptor Schlüsselmerkmale basaler Sauropodomorphen teilt – allen voran die verdrehte Daumenphalanx und die blattförmigen Prämaxillarzähne. Sereno et al. (2013, JVP 32(sup1): 83–179) bestätigten diese Umklassifizierung in ihrer umfassenden Monographie. Baron, Norman & Barrett (2017, Nature 543(7646): 501–506) widersprachen erneut mit ihrer Ornithoscelida-Hypothese und platzierten Eoraptor wieder als basalsten Theropoden.
Lovegrove, Upchurch & Barrett (2024, JSP 22(1): 2345333) bezeichneten Eoraptor in ihrer umfassenden phylogenetischen Review als „Wildcard-Taxon" – seine Position ändert sich je nach Analyse, Zeichenkodierung und Taxon-Sampling. Hechenleitner et al. (2025, Nature 648: 634–639) bestätigten bei der Beschreibung von Huayracursor jaguensis die Position als basaler Sauropodomorphe, divergierend nach Buriolestes. Dies ist der aktuelle Mehrheitskonsens, aber keineswegs das letzte Wort. Dass Nature Ecology & Evolution 2024 einen „Species Spotlight" auf Eoraptor setzte (Apaldetti, Nat. Ecol. Evol. 8: 1558), unterstreicht die anhaltende Relevanz dieses nur einen Meter großen Tiers.