Die Frage, ob Archaeopteryx „ein Vogel" ist, hängt davon ab, wo man die Grenze zwischen Dinosauriern und Vögeln zieht – und genau diese Grenze ist bei Archaeopteryx extrem unscharf. Die Mehrheit der phylogenetischen Analysen platziert Archaeopteryx als basalstes Mitglied der Avialae (Vogellinie). Aber mehrere Studien – darunter Xu et al. (2011, Nature), Hu et al. (2018) und Hartman et al. (2019) – fanden Archaeopteryx auf der Deinonychosaurier-Seite der Grenze, näher an Dromaeosauriden als an Vögeln. Wäre dies korrekt, hätte Archaeopteryx den Flug unabhängig von der Vogellinie entwickelt.
Die Debatte wurde 2011 durch die Beschreibung von Xiaotingia zhengi aus China katalysiert. Die Schlüsselschwierigkeit: Je nach Datensatz, Zeichencodierung und Analysemethode (Parsimonie vs. Maximum-Likelihood vs. Bayesian) fällt Archaeopteryx auf verschiedene Seiten der Grenze. Dies reflektiert nicht methodische Schwäche, sondern die biologische Realität: Am Übergang zwischen Nicht-Vogel-Theropoden und Vögeln waren die anatomischen Unterschiede minimal. Die ICZN sicherte 2011 (Opinion 2283, Case 3390) den Namen Archaeopteryx lithographica mit dem Londoner Exemplar als Neotyp.
Die Kaufgeschichte der Exemplare ist selbst ein Stück Wissenschaftsgeschichte: Das Londoner Exemplar wurde 1862 für 700 Pfund Sterling (in zwei Raten) von Karl Häberlein erworben. Das Berliner Exemplar durchlief eine mehrstufige Kaufkette – vom Bauern Jakob Niemeyer über den Gastwirt Johann Dörr (für den Preis einer Kuh, ~150 Mark) zum Fossilhändler Ernst Häberlein (~2.000 Mark) und schließlich zu Werner von Siemens, der es 1880 für 20.000 Goldmark kaufte und dem Berliner Museum überließ.